Konsumsi oligosakarida yang berlebih dapat menyebabkan timbulnya gejala flatulensi, yaitu suatu keadaan menumpuknya gas dalam lambung. Oligosakarida terdiri dari komponen-komponen verbaskosa, stakiosa, dan rafinosa. Oligosakarida dari famili rafinosa tidak dapat dicerna karena mukosa usus mamalia tidak mempunyai enzim pencernanya, yaitu alfa-galaktosidase, sehingga tidak dapat diserap oleh tubuh. Bakteri-bakteri yang terdapat dalam saluran pencernaan (terutama pada bagian usus halus) akan memfermentasi rafinosa menghasilkan berbagai macam gas, seperti karbondioksida, hidrogen, dan sejumlah kecil metan. Gas-gas tersebutlah yang menyebabkan flatulensi. Meskipun tidak bersifat toksik, flatulensi dapat berakibat serius. Peningkatan tekanan gas dalam rektum dapat menyebabkan tanda-tanda patologis, seperti sakit kepala, pusing, penurunan daya konsentrasi, atau sedikit perubahan mental dan odema. Flatulensi juga dapat berakibat pada timbulnya dipepsi dan konstipasi usus serta diare. Beberapa cara mengurangi zat anti gizi tersebut seperti perendaman kacang-kacangan dalam air, proses berkecambah, serta fermentasi menjadi berbagai produk olahan, dapat mencegah timbulnya flatulensi yang disebabkan oleh oligosakarida. Melalui perkecambahan, kandungan oligosakarida penyebab flatulen, yaitu rafinosa dan stakhiosa, dapat dikurangi.
