Bahan pangan dapat tercemar oleh mikroorganisme sebelum dipanen atau dipotong (pencemaran primer) atau sesudah dipanen atau dipotong (pencemaran sekunder).
Pencemaran primer dapat dihindari dengan berbagai cara. Makanan yang akan diberikan pada ternak dan unggas harus dipasteurisasi sehingga bebas dari salmonella. Hindari pengangkutan peternakan yang terlalu penuh sesak untuk menghindari penyebaran penyakit melalui ternak-ternak tersebut. Hindari pemupukan tanaman dengan kotoran manusia atau diairi atau disiram dengan air yang tercemar.
Pencemaran sekunder dapat terjadi setelah beberapa tahapan setelah dipanen atau dipotong. Dengan pencucian yang bersih dan teratur serta desinfeksi atau sanitasi dari semua alat pengolahan dan permukaan yang berhubungan dengan bahan pangan sangat penting guna menurunkan tingkat pencemaran sekunder.
Dalam setiap operasi pembersihan dimana bahan-bahan sanitasi digunakan, harus diikuti prosedur umum berikut :
- Alat-alat harus dibersihkan sebaik mungkin sehingga tidak ada sisa-sisa organik yang nampak oleh mata.
- Lakukan sanitasi. Dengan cara siram dengan air panas, atau dengan larutan seperti chlorine, iodofor, dan iodine dengan lama waktu 1 menit
- Bilaslah bahan-bahan sanitasi dengan air yang bersih dan tidak tercemar.
Kebiasaan pribadi (personal habit) para pekerja dan konsumen dalam mengelola bahan pangan merupakan sumber penting dari pencemaran sekunder. Beberapa peristiwa keracunan bahan pangan yang tercemar oleh staphylococcus aureus diakibatkan oleh higiene yang buruk dari pengelola bahan pangan tersebut. Pengelola bahan pangan harus menggunakan sarung tangan plastik yang steril dan bersih, menutup luka iritasi kulit, menghindari bersin dan batuk pada bahan pangan.
Perencanaan pabrik pengolahan dan toko penjualnya pun berpengaruh terhadap pencemaran sekunder. Seperti perlengkapan pencuci tangan, tata letak ruangan yang diatur dengan sedemikian rupa dengan membangun agak jauh kamar kecil dari tempat pengolahan, dipisahnya bahan baku yang baru datang dengan produk yang telah selesai diolah, peralatan pengolahan yang diatur sedemikian rupa agar mudah dibersihkan, tempat pembuangan sampah yang jauh dari pabrik atau toko. Tempat kerja yang baik, bersih dan berventilasi serta penerangan yang yang baik dapat memberi kepuasan pada pekerja yang akan menanggapinya dengan kebiasaan yang baik dan bersih.
