Terdapat 3 jenis sumber bahaya dalam pangan yaitu sebagai berikut:
1.Bahaya Biologis
Bahaya biologis adalah bahaya berupa cemaran mikroba penyebab penyakit (patogen), virus, dan parasit yang dapat menyebabkan keracunan atau penyakit. jika termakan manusia.
Cemaran ini berasal dari udara, tanah, air, dan makhluk hidup.
Demikian juga virus hepatitis A dan parasit misalnya cacing dapat berasal dari lingkungan yang kotor.
Umumnya cemaran mikroba dibawa oleh hama yaitu serangga seperti lalat, kecoa dan binatang pengerat seperti tikus, dan binatang pembawa penyakit
mikroba
Mikroba dapat menguntungkan manusia, misalnya mikroba yang aktif di dalam proses fermentasi pangan seperti tempe yang mengandung kapang yang disebut Rhizopus oligosporus, kapang Neurospora sitophila yang tumbuh pada oncom merah, khamir atau ragi Saccharomyces cerevisae pada tape singkong atau tape ketan, dan Lactobacillus plantarum pada acar dan sayur asin.
Di samping ada yang menguntungkan, ada juga mikroba yang merugikan, yaitu mikroba pembusuk dan patogen.
1.Mikroba pembusuk adalah mikroba yang dapat menguraikan bahan sehingga menjadi busuk, misalnya busuknya bahan pangan.
2.Mikroba patogen adalah mikroba yang dapat menimbulkan penyakit pada manusia seperti bakteri TBC, tifus, disentri, kolera dsb.
3.kapang juga dapat menghasilkan racun seperti Aspergillus flavus yang menghasilkan racun aflatoksin.
Cemaran mikroba patogen dan mikroba penghasil racun ini merupakan bahaya biologis dalam pangan.
2.Bahaya Kimia
Bahaya Kimia adalah bahaya berupa cemaran bahan-bahan kimia beracun yang dapat menyebabkan keracunan atau penyakit jika termakan oleh manusia, seperti residu pestisida, logam berbahaya, racun yang secara alami terdapat dalam bahan pangan, dan cemaran bahan kimia lainnya.
3.Bahaya Fisik
Bahaya fisik adalah bahaya karena adanya cemaran cemaran fisik seperti benda-benda asing yang dapat membahayakan manusia jika termakan, seperti pecahan gelas, pecahan lampu, pecahan logam, paku, potongan kawat, kerikil, stapler dan benda asing lainnya.